Муйский район образован в 1989 году за счет выделения северной территории Баунтовского и восточной территории Северо-Байкальского районов Указом Президиума Верховного совета РСФСР от 23 октября 1989 года 12928-XI и постановлением Президиума Верховного Совета Бурятской АССР от 20 июля 1989 года. Райцентром является поселок городского типа - Таксимо.
Выделение Муйского района в самостоятельных границах было обусловлено открытием движения по Байкало-Амурской магистрали и завершением основных строительных работ по железной дороге. Важное значение сыграли также перспективы хозяйственного освоения прилегающей к БАМу зоны: разработка Молодежного месторождения хризотил — асбеста, Кедровско — Ирокиндинского месторождения золота, Аиктинского месторождения известняков, Мукельского месторождения глин, Ультинского месторождения песков, Таксиминского месторождения строительного камня, Ключевского месторождения доломитов, Голюбинского и Буромского месторождений нефрита и других месторождений природных ресурсов. Минерально — сырьевой потенциал района является одним из самых высоких в республике.
Площадь территории района составляет 25164,1 кв. км.
Население на 01.01.2008 года — 15,2 тыс. чел.
В муниципальном образовании "Муйский район" два городских поселения: "Поселок Таксимо" (с населенными пунктами п. Таксимо и п. Ирокинда), "Северомуйское" (п. Северомуйск) и одно сельское поселение "Муйская сельская администрация" (с населенными пунктами с. Усть Муя, с. Муя, с. Баргалино, п. Витим).
внешняя транспортная связь осуществляется железнодорожным, автомобильным и авиационным сообщениями. Связь района с республиканским центром г. Улан-Удэ осуществляется воздушным путем, через районный центр. Расстояние от г. Улан-Удэ до п. Таксимо - 1030 км.